Bereits 1998 wurde von der Regierung von Niederbayern und der Gemeinde Haidmühle das BayernNetzNatur-Projekt Bischofsreuter Waldhufen mit dem Ziel ins Leben gerufen, in Zusammenarbeit mit den Landwirten die Kulturlandschaft als Heimat für die Bevölkerung und als Lebensraum für seltene Tiere- und Pflanzen zu erhalten. Heute ist es eines der bayernweit größten Naturschutz- und Artenhilfsprojekte, das von einer einzelnen Gemeinde getragen wird. In der Jubiläumsbroschüre des Bayerischen Staatsministeriums für Umwelt und Verbraucherschutz werden die Bischofsreuter Waldhufen als eines von 7 bayernweit vorbildlichen Projekten beschrieben
Bei Projektbeginn war die landwirtschaftliche Nutzung vieler Flächen bereits aufgegeben. Es war abzusehen, dass ein Generationswechsel bei den landwirtschaftlichen Betrieben nicht mehr vollzogen wird. Das Betriebssterben war in vollem Gange. Land und Boden waren nichts wert und immer mehr Flächen wurden nicht mehr gemäht oder beweidet. Doch die Bischofsreuter Waldhufen sind eine Kulturlandschaft. Ohne Mahd und Beweidung wachsen die Flächen zu. Zunächst breiten sich bestimmte Gräser, dann Büsche und schließlich der Wald aus. Dies hat nicht nur Folgen für das Landschaftsbild und die Heimat der Haidmühler sondern auch für die einzigartige Artenvielfalt. Denn weder die Menschen noch die lichtliebenden Pflanzen und Tiere leben gerne in einem geschlossenen Wald.
Doch im Laufe der fast 20 Projektjahre konnten über 100 ha an Brachflächen wieder erstmalig gemäht oder beweidet sowie Moore und Magerrasen entbuscht oder entfichtet werden.
Jedes Jahr werden von ortsansässigen Landwirten der Gemeinde auf bis zu 30 Hektar Fläche Entwicklungspflege- und Artenhilfsmaßnahmen durchgeführt. Mehr als weitere 300 Hektar an Wiesen und Weiden werden über das Bayerische Vertragsnaturschutzprogramm bewirtschaftet. Die hierfür bereit stehenden Fördergelder tragen wesentlich zum Einkommen und damit zum Fortbestand der landwirtschaftlichen Betriebe bei. Im Gegensatz zu anderen Mittelgebirgsregionen, sind in Haidmühle die Landwirtschaftsflächen und Tierzahlen nicht rückläufig, sondern haben sogar wieder zugenommen.
Aber nicht nur die Gemeinde ist tätig: So haben der Landesbund für Vogelschutz für das Birkhuhn und der BUND Naturschutz in Bayern im Rahmen des Vorhabens „Grünes Band Europa“ sowie über das Klimaprogramm Bayern Flächen erworben. Die meisten dieser Flächen werden im Rahmen des Projekts „Bischofsreuter Waldhufen“ gepflegt. Seitens der Regierung von Niederbayern wurden dort Wiedervernässungen durchgeführt, wo sie niemanden schaden. Auch die Bayerischen Staatsforsten haben in ihren Moorwaldkomplexen und aufgelassenen Torfstichgebieten auf großer Fläche umfangreiche Maßnahmen zur Wiederherstellung der Moorlebensräume verwirklicht.
Aufgrund dieser beispielhaften gemeinsamen Anstrengungen und Erfolge zum Erhalt der Artenvielfalt wurde die Gemeinde Haidmühle vom BUND zur ersten „Modellgemeinde am Grünen Band Europa“ gekürt. Im Rahmen der nationalen Strategie zur Umsetzung des UN-Übereinkommens zur biologischen Vielfalt (CBD) wurden die Bischofsreuter Waldhufen darüber hinaus als offizielles Projekt der „UN-Dekade Biologische Vielfalt” ausgezeichnet.